《神奇飞书》的故事始于一个飓风肆掠的日子，那天，故事的主人公莫里斯先生正在阳台上看书，一阵突如其来的飓风，把他的书、房子和他自己都吹到天空。飓风过后，莫里斯和他书中的那些文字一起坠落到地面。此时，陆地上一片狼藉，整个世界失去了原来的色彩。莫里斯漫无目的地走在小路上，与一个手握飞书在天上飘的女孩儿不期而遇，女孩将自己最珍爱的礼物——一本会飞的书，送给了莫里斯先生。莫里斯随着这本书来到了他白天遨游书海，晚上则以书为枕。飞书们是他最亲密的朋友，他精心呵护飞书，给它们喂食，帮它们修补，并将它们选借给各位读者。飞书们像孩子般地围着他，在他身边翩翩飞舞。时间很快过去，莫里斯先生在完成了自己的阅读和书写之后，被飞书们带着飞走了，图书馆又迎来了一个新的主人——一个小女孩，于是新的故事又开始了……